Real Colegio de la Compañía de Jesús bajo la advocación del Espíritu Santo
Bajo el nombre de La Clerecía se conoce al Real Colegio de la Compañía de Jesús bajo la advocación del Espíritu Santo, un majestuoso conjunto barroco que incorpora un templo, un espléndido patio y el Colegio en sí mismo.
A mediados del siglo XVI, el fundador de la Compañía de Jesús –San Ignacio de Loyola- planteó el establecimiento de un colegio jesuita en la capital charra; la obra no sólo no llegó a ejecutarse sino que el mismo San Ignacio fue encarcelado en Salamanca. En 1614 Margarita de Austria, esposa de Felipe III, quiso compensar al jesuita y dejó escrito en su testamento el proyecto un nuevo colegio jesuita.
El primer proyecto de la edificación fue realizado por el carmelita fray Alberto de la Madre de Dios, las dimensiones eran tan colosales –ocuparía desde las cercanías de la Catedral hasta el Palacio del Arzobispo Fonseca- que tanto los nobles como el Cabildo convencieron al monarca de que las obras eran inviables. En este primer proyecto se planteaba la construcción de una iglesia de planta centralizada que se flanquearía por dos patios, uno para los jesuitas y otro en torno al cual se dispondría la edificación del colegio.
Sea como fuere las obras quedaron en manos de Juan Gómez de Mora quien conservó la misma sección del templo y uno de los patios pero redujo considerablemente las dimensiones. Con todo el conjunto cuenta en la actualidad con más de ocho mil metros cuadrados. Bajo la dirección del arquitecto se levantó un ala destinada a los jesuitas y el primer piso del templo. En un principio la obra se concebía según los parámetros estilísticos del renacimiento herreriano pero paulatinamente se fueron incorporando elementos de estilo barroco hasta hacer de la construcción una de las mejores muestras de arquitectura barroca de toda la Península Ibérica.
Tras la muerte de Juan Gómez de Mora, Pedro Mato trabajó como maestro entre 1642 y 1673; en esta época se terminó la segunda planta del templo, su cubrición y se comenzaron las obras en la fachada. Su intervención no debió de resultar demasiado acertada ya que a lo largo del XVII Joaquín de Churriguera hubo de reparar la cúpula de iglesia que ya amenazaba con derrumbarse. En esta época trabajó también otro de los grandes arquitectos barrocos, Andrés García Quiñones quién se encargó de realizar el Patio de Estudios y dotar a la iglesia de dos torres simétricas y una elaborada espadaña.
Cuando las obras prácticamente acababan de terminar, Carlos III decretó la expulsión de la Compañía de Jesús de España. Desde ese momento, la Clerecía se dividió en tres partes: la zona oeste se adjudicó al Colegio de los Nobles Irlandeses, la zona norte se utilizó como Seminario Conciliar y la iglesia quedó en manos de la Real Clerecía de San Marcos, de donde proviene el actual sobrenombre de Clerecía.
La historia del edificio continua siendo igual de truculenta a lo largo de los siglos. Con la invasión de las tropas napoleónicas gran parte de la construcción fue derruida y su estado de conservación fue más que precario durante varios años. Finalmente en 1940 la Universidad Pontificia ocupó la construcción y paulatinamente se llevaron a cabo numerosas obras de reconstrucción hasta llegar a su aspecto actual.